1、設有研究生國家獎學金，根據教育部相關要求和下撥的名額進行評審，標準為20000元/年/生。

2、設立國家助學金。助學金標準為每生每月600元，一年按10個月發放。

3、設立學業獎學金。

（1）新生入學學業獎學金。一等獎學金12000元，二等獎學金6000元，三等獎學金3000元。

①第一志愿錄取蚌埠醫學院基礎醫學專業的新生享受一等獎學金。

②第一志愿錄取蚌埠醫學院其他專業的新生，享受二等獎學金。

③其余的新生均可享受三等獎學金。

④推免生見蚌埠醫學院2021年招收推薦免試碩士研究生簡章。

（2）二、三年級研究生學業獎學金，分為三個等次：一等獎學金(占研究生人數10%)獎勵金額為12000元，二等獎學金(占研究生人數20%)獎勵金額為8000元，三等獎學金(占研究生人數40%)獎勵金額為4000元。所有研究生可參與評選，一年一評。

4、對優秀生源的獎勵。本校應屆本科畢業生第一志愿錄取蚌埠醫學院，且本科學習成績排名在本專業前15%；或第一志愿報考蚌埠醫學院的“211”、“985”重點高校的優秀應屆本科畢業生；或推免生，入學取得正式學籍后由學校一次性獎勵2000元。

5、學校還設有優秀學位論文獎、優秀科研成果獎、優秀畢業研究生獎等，獎勵金額由300元到5000元不等。

6、學校為研究生提供“助教、助研、助管”崗位，標準為300元/月/生，按月發放津貼。